生物安全柜的作用和實驗室通風柜的作用類似，生物安全柜中安全處理樣本的實驗操作過程中需要注意以下幾點：
1. 當使用皮下(皮膚下面)注射針頭和注射器的時候，應于從隔膜塞住的試管中取出液體或給動物接種。切勿將皮下(皮膚下面)注射針頭從注射器中取出或重新蓋上蓋子，以防止意外的自我接種。
2. 在使用移液器進行樣本處理時，移液器應輕輕按壓，并用吸頭抵住離心管或試管內壁，緩慢進行移液操作，防止樣本外溢。
3.在處理樣本前和處理樣本完成后，所有工作臺區域都應進行嚴格的消毒，以確保實驗及實驗室安全。
4.實驗室工作人員應穿戴防護設備,如：口罩、面罩、呼吸器、眼罩、隔離服、、手套、鞋套等，在離開實驗室前應將其取下。以避免因服裝因素索造成的生物污染。實踐證明，眼罩或面罩的防護也是值得重視的，它們往往可以防止因意外接觸面部或眼睛而導致的粘膜感染。
5.實驗過程中應當實時檢查試管蓋是否處于密封狀態，因為在渦旋混合器、超聲波清洗機、高速離心機等儀器中進行混合樣本處理過程中會產生氣溶膠或液滴。
6.由于氣溶膠的產生是實驗室生物污染的重要來源，有些實驗室也會通過使用含有熒光素的假樣本來檢測氣溶膠的產生路徑以評估其傳播水平。
7.生物安全柜使用中出現任何意外溢出的生物樣本都應立即使用消毒劑進行嚴格的清潔。
8.工作完成后，應將受污染的材料放入生物危害容器或高壓滅菌處理并完成，對于可重復使用的實驗室設備例如移液器、試管架等應立即進行消毒。
