這兩者有很大的區別。先超凈工作臺是種局部凈化設備，即利用空氣潔凈技術使定操作區內的空間達到相對的無塵、無菌狀態。它的主要作用在于給與實驗個幾乎無菌的環境；而生物安全柜是為操作原代培養物、菌毒株以及診斷性標本等具有感染性的實驗材料時，用來保護操作者本人、實驗室環境以及實驗材料，使其避免暴露于上述操作過程中可能產生的感染性氣溶膠和濺出物而設計的。使用安全柜的目的是為了給微生物特殊培養的環境。從流程簡單來講就是你只有現在超凈工作臺提取獲得你的目的菌株后，再轉移到生物安全柜里培養。所以這兩者的目的是不同的。

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