透射熒光顯微鏡
光源：壓汞燈或鹵素燈。
聚光鏡：使用暗場聚光鏡，使激發光和熒光分離出來。
物鏡：可用任何種類的物鏡。
標本：因為是透射觀察，薄的標本比較適合。
點：①由于用了暗場聚光鏡，激發光不能進入物鏡，因此容易形成暗的背景，得到良好的反差，且任何物鏡都可用于觀察。②用低倍物鏡時，比反射熒光顯微鏡更亮。
缺點：必須正確調整聚光鏡中心和度，否則不能獲得明亮的熒光像。由于暗視場聚光鏡焦距限制，不能使用厚的載玻片。視場照明區不能過大，否則容易使熒光標本熒光色衰褪。厚的或不透明的標本不適用。
反射熒光顯微鏡
光源：壓汞燈或鹵素燈。
聚光鏡：因為物鏡作為聚光鏡，所以不需要聚光鏡。
物鏡：所用物鏡必須能透過足夠的紫外光，而且本身不產生熒光，對數值孔徑沒有限制。
標本：厚的標本或不透明的標本都能觀察。
點：①由于物鏡兼作聚光鏡，不需要很多調節。②采用柯拉照明法，可利用孔徑光闌和視場光闌的效果。③物鏡數值孔徑不受限制，在放大倍率時，也可以獲得分辨率的像。④厚的或不透明的標本也能觀察，厚的蓋玻片也能使用。⑤其它觀察法也能與反射熒光結合使用，特別和相差法和透射微分干涉差法相結合。⑥可以避免不必要的熒光色衰褪現象。
缺點：在用地倍率物鏡時，像比較暗，因此必須用大數值孔徑的物鏡。濾光鏡系統必須有效地分離開激發光和熒光。
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