Sanger測序和片段分析的創新成果AppliedBiosystemsSeqStudio基因分析儀：使用全新的SeqStudio基因分析儀進行測序和片段分析直觀的運行設置和實時質控結果監控通過連接功能無縫整合到ThermoFisherCloud現有測序應用組合中集數款強大的Sanger測序和片段分析應用亮點于一體

Sanger測序和片段分析的創新成果

Applied Biosystems™ SeqStudio™基因分析儀：
• 使用全新的SeqStudio基因分析儀進行測序和片段分析
• 直觀的運行設置和實時質控結果監控 • 通過連接功能無縫整合到Thermo Fisher Cloud現有測序應用組合中
• 集數款強大的Sanger測序和片段分析應用亮點于一體，包括：
 - 質粒測序
 - 腫瘤學研究
 - 種屬鑒定
 - CRISPR-Cas9基因組編輯分析
 - 人細胞系鑒定
 - Applied Biosystems™ SNaPshot™ 基因分型
 - 用多重連接探針擴增 (MLPATM) 技術分析人拷貝數變異 (CNV)

Applied Biosystems™基因分析儀以可靠性和值得信賴的結果為立足點。作為Applied Biosystems™毛細管電泳 (CE) 基因分析儀產品系列的成員，SeqStudio基因分析儀同樣基于這一理念，但同時又追求易用、易維護，易于存取和分享數據。在本應用指南中，我們將介紹其無二的特性——將Sanger測序和片段分析的可靠性，與遠程監控和云應用便利性結合在一起。

多功能卡夾
這款儀器的易用性在于限度提高效率和便利的新型卡夾設計。SeqStudio基因分析儀采用一種含有毛細管陣列、 POP膠以及陽極緩沖液的多功能卡夾。該卡夾可插拔，并可在儀器上存放達四個月之久。每個卡夾上均含有SeqStudio 系統所的新型聚合物，無需重新配置即可進行Sanger 測序和片段分析。多達四個毛細管可以處理來自標準96孔板或8聯管的樣品。卡夾和陰極緩沖液容器均帶有射頻識別 (RFID) 標簽，可跟蹤二者各自在儀器上加樣（卡夾）和存放的時長（陰極緩沖液）。這一特性使科研人員可以利用同一臺儀器，根據需要管理并使用自己的卡夾，進一步提高靈活性。最后，SeqStudio基因分析儀的維護工作也得到簡化。儀器校準工作通過成像和算法工具的功能自動化完成。

緊湊的儀器設計
SeqStudio儀器具有小巧的外形，同時配有機載計算機和一體觸摸屏，讓您可快速、直觀、靈活地進行運行設置。運行軟件經過專門配置，可在運行不中斷的情況下，在同一塊板上設置測序和片段分析反應并在儀器上運行。這一特性開辟了簡化分析的全新機會——例如，在同一次CE 運行中，您可將基于測序的位點突變篩選檢測與基于片段分析的CNV檢測結合在一起。

連通體驗
通過整合無線連接功能，儀器的便利性提升至全新水平，由此可通過聯機觸摸屏，遠程計算機和移動設備APP 操作儀器。用戶可使用聯機計算機或獨立的軟件 PlateManager（在Thermo Fisher Connect或單獨的計算機上工作的獨立軟件）來設置運行。通過使用基于網頁瀏覽器的軟件，只要能上網，就能隨時隨地地訪問運行設置、反應板圖、運行條件和分析設置。加樣條件、重新加樣和重新調整加樣次序可在運行期間調整，從而限度提高從每塊板采集優質數據的能力。采集數據后，基于網頁瀏覽器的應用程序組合包（Sanger Quality Check、Sanger Variant Analysis和Next-Generation Confirmation (NGC)）可輕松、方便地分析數據。完成運行后，DNA序列變異、序列比對，以及片段分析工作均可立即開展。最后，云連接允許合作機構在不同地點監控、存取和分享數據信息，快速分析統一數據集。在本應用指南中，我們將演示如何將全新的SeqStudio基因分析儀無縫整合到部分見的Sanger測序和片段分析應用中。SeqStudio基因分析儀的易用性和數據分析便利性，可為研究人員帶來限度的靈活性，使該系統成為基因分析工具包之中的新利器。

質粒測序
Sanger測序見應用之一是分析亞克隆到質粒之中的插入片段。Applied Biosystems™ BigDye™化學試劑被Sanger 測序廣泛使用，是質粒測序工作流程不可分割的一部分。 SeqStudio平臺的部分新特性包括，可讓質粒測序研究人員獲益。該儀器預先加載了針對短 (<300 bp)、中 (500 bp) 和 (>600 bp) 長讀長應用優化的測序模塊，還可針對特殊要求進行定制。其配備的可插拔式卡夾可關聯單獨的項目和用戶。基于云的Sanger Quality Check應用程序包含了一套分析測序痕量數據直觀工具。最后，云連接功能支持遠程監控、存取和分享測序信息，有助于合作機構快速分析統一數據集。

通過pGEM7zf+質粒、M13引物和Applied Biosystems™ BigDye™ Terminator v3.1化學試劑，測定SeqStudio儀器的質粒測序性能。通過Thermo Fisher Cloud（圖3）上的Sanger Quality Check模塊分析測序痕量數據，獲得分析結果。在本實例中，測序16個孔內的相同質粒，并在SeqStudio基因分析儀上通過4次加樣分析。請注意，各樣品的痕量數據得分、峰間 (PUP) 值、連續讀長 (CRL) 和QV20+（質量值大于>20的長度）相似。使用Applied Biosystems™ BigDye™ Terminator v1.1化學試劑進行的其他序列測序和實驗獲得了相似結果。這些數據表明，SeqStudio平臺可以獲得質量的質粒測序結果。

腫瘤學研究、二代測序驗證
臨床研究人員可采用SeqStudio基因分析儀保證金標準檢測質量，驗證腫瘤組織中是否存在突變等位基因。SeqStudio 系統通過整合以下工具，簡化了Sanger測序工作流程：

• 針對提取自福爾馬林固定石蠟包埋組織的片段化DNA， SeqStudio基因分析儀預裝載了經過優化的運行模塊。
• 基于云的NGC模塊，允許研究人員通過Sanger測序痕量數據，快速驗證二代測序 (NGS) .vcf文件發現的變異。
• 頻率低至5%的等位基因變異，可采用Applied Biosystems ™ Minor Variant Finder (MVF) 軟件以及SeqStudio儀器生成的Sanger痕量數據檢測出來。
• Applied Biosystems™ BigDye™ Direct和BigDye XTerminator™化學試劑提供了單管測序和回收解決方案，簡化了Sanger測序工作流程。

SeqStudio基因分析儀檢測腫瘤樣品突變等位基因的性能，可通過分析源自10份不同FFPE腫瘤樣品的基因組DNA、測定4種不同熱點區域的變異頻率來測定。采用Ion Torrent™ Oncomine™ Oncology Focus Panel進行NGS，通過BigDye Direct/BigDye XTerminator化學試劑和MVF軟件進行Sanger 測序，測定突變等位基因的頻率。通過與NGS測得的等位基因頻率相比較（約9%-70%），SeqStudio基因分析儀測得的頻率相關性非常出色。

SeqStudio基因分析儀的變異頻率分析能力，也可使用含有靶向KRAS和NRAS中見致瘤突變的Sanger測序引物的 96孔板進行測定。使用SeqStudio精確測定1 ng稀釋的FFPE 來源DNA中低頻等位基因頻率。因此，需要檢測罕見等位基因的研究人員可充分信任SeqStudio基因分析儀能夠產生FFPE組織精確分析結果。

最后，基于云的NGC應用可以根據擴增子和樣品組織整理 Sanger測序數據，并與.vcf文件之中的候選變異序列進行比對，簡化了NGS變異數據的驗證工作。為了展示NGC APP 在腫瘤學工作流程之中的應用，我們采用Sanger測序，驗證通過Oncomine Oncology Focus panel發現的NRAS突變是否存在。 SeqStudio結果證明 NRAS (p.Ala59Thr) 中的突變存在。因此，NGC APP對測序痕量數據意義部分的集中、快速檢驗，有助于促進NGS變異驗證工作。