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脈沖場電泳是一種分離大分子DNA的方法，脈沖電泳儀能選擇0°-360° 內的任何脈沖角度， 用一個系統就能完成染色體和質粒DNA 的快速分離。 通過逐漸改變電泳過程中的轉換時間來轉換時間梯度，從而增加片段遷移率。 另外， 每個載體均可設置電壓及轉換時間。 一個電泳最多能融合8 個不同的階段，以優化樣品中亞組分片段的分離。
脈沖電泳儀工作的原理
脈沖電泳儀采用旋轉脈沖場，電極安置在轉子上，由轉子帶動電極以任意角度旋轉，產生均一的重復電場。在脈沖場凝膠電泳中，電場不斷在兩種方向(有一定夾角，而不是相反的兩個方向)變動。由于DNA分子帶有負電荷，會朝正極移動。相對較小的分子在電場轉換后可以較快轉變移動方向，而較大的分子在凝膠中轉向較為困難。因此小分子向前移動的速度比大分子快，最終達到分離的目的。
脈沖電泳儀*新穎的脈沖場設計，由轉子帶動電極以任意角度旋轉，產生均一的重復電場，分離范圍大，可分離長達8Mb的DNA片段。同時具有較高的分辨率高，可輕易地分辨線性和環狀的DNA，對大的環狀DNA分離效果更佳。
脈沖電泳儀的基本操作
脈沖電泳儀的使用分為電泳前與電泳后，電泳前半小時需要檢查冷凝系統，確認管道連接密閉，不漏氣。然后在電泳槽內加入約2.2升合適的電泳液。 最后接通主機和冷凝泵電源，開啟主機開關，主機自檢結束后，開啟冷凝系統開關按“set temp”鍵調節需要的電泳溫度，按“actual temp”顯示實際溫度。調節泵的速度為“100”左右。
半小時后操作者需要將加好樣的凝膠連同底座一起放入電泳槽內的黑色方框內，并保證電泳液超過膠面1~2mm，蓋好電泳槽蓋，將冷凝泵速度調節至“50”，以防凝膠被沖走。 并且在主機上設置電泳程序，按“start”鍵，即可進行電泳。此時可觀察到電泳槽內電極開始出現氣泡。
電泳開始后，“high voltage”燈亮，此時切不可打開電泳槽蓋進行操作，以免發生觸電危險。 電泳結束后，“high voltage”燈滅。先依次關掉冷凝系統，主機開關，然后可取出凝膠，最后放出使用過的電泳液。若長時間不用，需用蒸餾水沖洗電泳液循環系統，晾干。
目前，脈沖電泳儀已經被廣泛應用到生物、微生物種系鑒定、分子流行病學的研究、基因組文庫或大片段質粒研究、基因物理圖譜繪制以及DNA的損傷和修復等研究當中。該設備的電泳槽、脈沖角度、時間轉換梯度等要素都是選擇產品時的重要參考因素。
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