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色譜儀分析理論主要包括柱效率和溶劑效率兩方面的問題。
一、柱效率：
柱效率是指樣品通過色譜儀色譜柱后其區域寬度增加了多少，與樣品在兩相中的擴散和傳質情況有關，是色譜分離過程中動力學因素決定的分離效率，是所謂色譜動力學過程。柱效率又稱柱效能。
柱效率通常以理論塔板數或理論塔板高度表示。
對單個樣品組分而言，常用n和H來描述。n越大，H越小，柱效率越高。
對多個樣品組分而言，無法用n和H來描述。n大，H小，幾個峰未必分的開。
要提高柱效率，需改善色譜柱性能和操作條件。
二、溶劑效率：
溶劑效率是指色譜儀固定相對某兩個樣品的分離能力，與兩個樣品在固定相上的相對保留值大小有關，從微觀角度講與兩個樣品和固定相（液相色譜中還有流動相）的分子間作用力大小有關，是所謂色譜熱力學過程。
溶劑效率通常以相對保留值表示。
要提高溶劑效率，需提高固定相（液相色譜中還有流動相）的選擇性。
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