藻類是原生生物界一類真核生物，有眾多分類，對人類有利有弊。實驗室藻類分析儀主要監測的是對水體危害較大的藍藻、綠藻等藻類。實驗室藻類分析儀的添置可有效開展藻類監測，提升對赤潮水華的早期預警能力，一旦發現問題及時采取措施，保障水生態環境和人民用水安全。
生物技術的采用可以直接測量待測水樣中的生物組成成分和數量，如藻類濃度或者微生物含量等，也可以通過測量水中微生物的代謝產物等來獲得微生物活性的信息。到目前為止，前一種方式中比較重要的新產品有藻類在線分析儀、在線流式細胞儀等;后一種方式中有在線大腸桿菌分析儀、堿性磷酸酶(ALP)法細菌總數分析儀、三磷酸腺苷(ATP)在線分析儀等。
實驗室藻類分析儀是利用以葉綠素為代表的光合色素，在激發光下會發出熒光，熒光的強度和藻類中葉綠素的含量相關，進而和水中藻類總量相關;而且同一門類的藻類中的光合色素對特定波長的激發光具有相近的相應熒光光譜，因為這種特征色素的存在，不同門類藻類的熒光光譜之間具有較顯著的差異，根據藻類各自的特征光譜及其強度，可以對藻類進行分類及對不同門類藻的濃度進行定量檢測。
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