代謝指紋法根據細菌對碳源（或氮源）利用的差異來區別和鑒定細菌。通過肉眼觀察或計算機控制的讀數儀，將反應結果同數據庫中的細菌代謝指紋進行對比，從而得到細菌的鑒定結果。

       代謝指紋法根據細菌對碳源（或氮源）利用的差異來區別和鑒定細菌。不同的細菌會利用不同碳源（或氮源）進入新陳代謝過程（稱為呼吸），而對其它一些碳源（或氮源）則無法利用。將每種細菌能利用和不能利用的一系列碳源（或氮源）進行排列組合，就構成了該種細菌特定的代謝指紋。細菌在利用碳源進行呼吸時，會發生一系列的氧化-還原反應，產生電子。TTC（四唑紫，2，3，5-Triphenyl Tetrazolium Chloride）在吸收電子后，會由無色的氧化型轉變為紫色的還原型。通過肉眼觀察或計算機控制的讀數儀，將反應結果同數據庫中的細菌代謝指紋進行對比，從而得到細菌的鑒定結果。

3.自定義數據庫：對于新發現的細菌，用戶可以將該菌的特征性代謝圖譜輸入用戶自定義數據庫，當再次遇到同種細菌或真菌時，就可以利用用戶自定義數據庫和原數據庫一起進行鑒定。